Par Laurène Bruncher
13 octobre 2026 à 8h25
Des centaines de bactéries qui peuplaient les intestins de nos ancêtres sont désormais de plus en plus rares. Ce changement aurait des répercussions sur notre système immunitaire, en particulier dans les pays industrialisés.
Pendant des dizaines de milliers d’années, le microbiote humain, c’est-à-dire les milliards de bactéries, virus et champignons qui vivent dans nos intestins, était considéré comme un écosystème stable. Mais avec l’accélération de l’industrialisation de notre alimentation, il s’est passablement transformé. Selon les scientifiques, certaines populations seraient aujourd’hui moins bien protégées contre plusieurs maladies.
C’est du moins ce que révèle une étude publiée en octobre dans la revue Nature et relayée par le New York Times. En analysant les selles de participants issus de différents pays, les chercheurs ont identifié 600 espèces de bactéries autrefois courantes, qui sont devenues rares, voire carrément absentes. Selon Justin Sonnenburg, professeur de microbiologie à l’université Stanford, aux États-Unis, et coauteur de la recherche, un grand nombre de ces micro-organismes sont pourtant bénéfiques pour la santé humaine. Leur diminution pourrait contribuer à l’augmentation de certaines maladies, allant des allergies à la démence.
Les scientifiques estiment que la composition de notre microbiote s’est modifiée avec l’évolution de notre alimentation. Il y a des centaines de milliers d’années, les premiers humains ont commencé à cuire leurs aliments, ce qui a certainement impacté leur flore intestinale. Puis, il y a environ 10.000 ans, les agriculteurs ont commencé à cultiver les plantes, ce qui a sans doute provoqué une nouvelle transformation.
Mais le changement le plus important pourrait bien avoir eu lieu ces dernières décennies. Des milliards de personnes se sont mises à consommer des aliments riches en sucre et en céréales raffinées. En parallèle, le recours massif aux antibiotiques, dès les années 1970, a contribué à détruire des bactéries pourtant utiles au système immunitaire.
Pour retracer l’histoire du microbiome humain, les chercheurs ont étudié des sociétés du monde entier, présentant différents niveaux d’industrialisation. Les résultats sont contrastés: chez les Hadza, un peuple de chasseurs-cueilleurs résidant en Tanzanie, l’analyse des selles a mis en lumière une grande diversité de bactéries, dont beaucoup sont rares, voire totalement absentes, dans les pays industrialisés. «On compte environ 270 espèces chez un Californien moyen, contre environ 730 chez un Hadza moyen», précise Justin Sonnenburg.
Un microbiote commun hérité de nos ancêtres?
Pour savoir si le microbiote des Hadza ressemble à celui d’anciennes populations de chasseurs-cueilleurs, les scientifiques ont comparé leurs échantillons avec ceux d’autres peuples au mode de vie similaire, comme les Tsimane, qui vivent en Amazonie. Leurs conclusions sont sans appel: 848 espèces communes aux deux groupes ont été identifiées. La plupart sont rares ou absentes dans les pays industrialisés. Ces résultats suggèrent que ces bactéries peuplaient déjà les intestins des chasseurs-cueilleurs il y a des dizaines de milliers d’années.
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Les bactéries ancestrales ont certainement joué un rôle important dans le développement de notre système immunitaire. À mesure que certains microbes ont disparu dans les sociétés modernes, d’autres sont apparus. Mais ce changement pourrait bien avoir des répercussions sur notre santé. «On se retrouve avec un microbiote très différent de ce à quoi notre génome humain s’attendait», explique Justin Sonnenburg.
Michael Gurven, anthropologue à l’université de Californie à Santa Barbara, aux États-Unis, et coauteur de l’étude, estime que le microbiome ancestral expliquerait pourquoi les Tsimane semblent être protégés contre les maladies cardiaques et d’autres maladies chroniques. Les scientifiques ignorent encore beaucoup de choses sur les quelque 600 microbes intestinaux identifiés. D’autres recherches devraient permettre de mieux comprendre comment les micro-organismes qui peuplent notre tube digestif agissent sur notre système immunitaire.
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